Nakon što je 3. travnja 1992. novi zrakoplov Croatia Airlinesa Boeing 737-200 sletio na pistu zagrebačkog aerodroma, već 5. travnja prvi je put letio s Plesa na redovitoj svakodnevnoj liniji u Frankfurt, a od 11. travnja počelo se tri put tjedno letjeti u Düsseldorf, Stuttgart i Berlin
Nakon što je 3. travnja 1992. novi zrakoplov Croatia Airlinesa Boeing 737-200 sletio na pistu zagrebačkog aerodroma, već 5. travnja prvi je put letio s Plesa na redovitoj svakodnevnoj liniji u Frankfurt.
Od 11. travnja počelo se tri put tjedno letjeti u Düsseldorf, Stuttgart i Berlin. Zagrebački aerodrom je 1991. postao poprištem dramatičnih ratnih zbivanja. Nakon kratkotrajnog rata u Sloveniji, Savezna uprava za kontrolu letenja iz Beograda naredila je zatvaranje aerodroma, no iako otvoren istoga dana, od tada se njime koristila isključivo JNA. S Plesa je svakodnevno uzlijetao veliki broj vojnih transportnih aviona i helikoptera.
Istovremeno, sve domaće i strane kompanije otkazale su letove, a Croatia Airlines letove je preselio u Maribor. Na aerodromu je stoga još u veljači osnovan krizni štab, a 31. kolovoza 1991. zaposlenici su pristupili ustrojavanju postrojbe za obranu Plesa. No tog dana borbeni zrakoplovi JNA prisilno su prizemljili transportni zrakoplov Boeing 707 kompanije Uganda Air u kojem je Anton Kikaš, kanadski poslovni čovjek hrvatskoga podrijetla, prevozio oružje namijenjeno obrani od agresije. Isti dan vojska je prisilila na slijetanje avion Tupoljev 154 rumunjske kompanije Tarom koji je uskoro pušten.
Zračna luka zatvorena je kao i svi cestovni prilazi. Tom prilikom vojska je otvorila vatru na policijski automobil i promatračku misiju Europske zajednice. Zagrebački aerodrom početkom rujna potpuno je zatvoren za promet. Na Božić 1991. jugovojska napustila je Pleso. Iako su štete na zgradama i opremi bile manje, novčani gubici izazvani zatvaranjem aerodroma bili su golemi. Financijske probleme donekle su ublažavali letovi UN-a i humanitarne pomoći.
Aerodrom Zagreb 1993. dobio je novi naziv: Zračna luka Zagreb, a već kraj te ratne godine dočekan je s pozitivnim financijskim rezultatom.
