No, unatoč silnom stradanju Bošnjaka i Hrvata Izetbegović je nakon potpisivanja sporazuma u srpnju 1992. izjavio da još nije vrijeme za vojni sporazum, jer bi to srpski narod „sigurno shvatio kao prijetnju“, te da bi „bilo bolje ostaviti još malo prostora za djelovanje međunarodnih faktora“
Dana 21. srpnja 1992. predsjednici Franjo Tuđman i Alija Izetbegović potpisali su u Zagrebu Sporazum o prijateljstvu i suradnji Hrvatske i Bosne i Hercegovine.
Ugovor je u zajedničkom interesu obje ratom zahvaćene države potpisan mjesec dana nakon što je Predsjedništvo BiH proglasilo ratno stanje i opću mobilizaciju, a kao agresore imenovalo Srbiju, Crnu Goru, “bivšu JNA” i ekstremistički dio bosanskih Srba. Sporazum je omogućavao vojno djelovanje hrvatskih snaga u pograničnim područjima, a što je pospješilo napadajne akcije Hrvatske vojske na Južnom bojištu.
Prigodu potpisivanja važnog sporazuma državna delegacija BiH iskoristila je kako bi zahvalila Hrvatskoj na zbrinjavanju izbjeglica iznad njezinih mogućnosti Naime, uz 260 tisuća prognanika sa svojih okupiranih područja, Hrvatska je već u prva dva mjeseca rata primila 270 tisuća izbjeglica iz BiH. Sporazumom je oružani dio Hrvatskog vijeća obrane sastavni dio jedinstvenih oružanih snaga BiH.
S obzirom na to da velikosrpska agresija nije jenjala, Tuđman i Izetbegović su 23. rujna 1992. u New Yorku potpisali Dodatak Sporazumu o prijateljstvu i suradnji između Hrvatske i BiH kojim su predviđene zajedničke vojno-obrambene aktivnosti protiv srpskoga agresora. Oba sporazuma nisu podrazumijevala cjelovito vojno savezništvo, kao Splitski sporazum koji je potpisan tri godine poslije i koji je bio temelj za oslobađajuće operacije na teritoriju Hrvatske i BiH, stoga ostaje nagađati u kojoj mjeri je taj nedostatak u ugovorima utjecao na sukob Bošnjaka i Hrvata koji je uskoro uslijedio.
No, unatoč silnom stradanju Bošnjaka i Hrvata Izetbegović je nakon potpisivanja sporazuma u srpnju 1992. izjavio da još nije vrijeme za vojni sporazum, jer bi to srpski narod „sigurno shvatio kao prijetnju“, te da bi „bilo bolje ostaviti još malo prostora za djelovanje međunarodnih faktora“.
