Nakon uspostave demokratske vlasti Bobetko se aktivno uključio u obranu napadnute Hrvatske. Iako mu je ponuđeno mjesto ministra obrane priključio se obrani Banovine. U Domovinskom ratu istaknuo se pobjedama na južnom bojištu i deblokadom Dubrovnika 1992. godine, nakon čega je imenovan načelnikom Glavnog stožera Hrvatske vojske. Uslijedile su vojno-redarstvene operacije Maslenica i Medački džep, te pobjednički “Bljesak” kojim je oslobođena zapadna Slavonija
Tri godine nakon što se povukao iz javnog života i odbio primiti optužnicu haškoga suda za navodne ratne zločine, u Zagrebu je, 29. travnja 2003. umro proslavljeni hrvatski general Janko Bobetko.
Rođen u selu Crnac pokraj Siska 1919. Bobetko se, kao mladi antifašist, u lipnju 1941. godine priključio sisačkom partizanskom odredu, prvom u Jugoslaviji. Na kraju Drugoga svjetskog rata teško je ranjen kod Dravograda. Poslije oporavka završio je Vojnu akademiju i stekao čin generala. Za vrijeme hrvatskog proljeća 1971. godine pridružio se hrvatskim reformistima pa je njegova uspješna karijera prekinuta nakon Karađorđeva, kada ga je Tito, zajedno sa još 19 hrvatskih generala smijenio sa svih vojnih i političkih dužnosti. Neko je vrijeme bio i pod policijskim nadzorom, a do osamostaljenja Republike Hrvatske nije mogao javno govoriti niti djelovati.
Nakon uspostave demokratske vlasti Bobetko se aktivno uključio u obranu napadnute Hrvatske. Iako mu je ponuđeno mjesto ministra obrane priključio se obrani Banovine. U Domovinskom ratu istaknuo se pobjedama na južnom bojištu i deblokadom Dubrovnika 1992. godine, nakon čega je imenovan načelnikom Glavnog stožera Hrvatske vojske. Uslijedile su vojno-redarstvene operacije Maslenica i Medački džep, te pobjednički “Bljesak” kojim je oslobođena zapadna Slavonija.
Neposredno prije “Oluje” Bobetka je na visokoj dužnosti zamijenio Zvonimir Červenko. Bobetkovi javni istupi i rukopis knjige „Sve moje bitke“, koju je godinu dana poslije i objavio, često se spominju kao razlog njegova odlaska. U knjizi su objavljeni neki dokumenti i zemljovidi koji su poslužili za podizanje haške optužnice.
S promjenom vlasti 2000. Bobetko se potpuno povukao iz javnog života. Iako katkad osporavan, hrvatski general Janko Bobetko samom činjenicom da je od 1992. do 1995. predvodio pobjedničku Hrvatsku vojsku osigurao je trajno mjesto u novijoj hrvatskoj povijesti.
